このオプションをチェックするとバンドルIDが置き換えられます。
バンドルID (CFBundleIdentifier) と使用するInfo.plist ファイルの場所を指定する必要があります。
これは、例えば開発段階では通常と異なるコード署名を行なう必要がある様な場合に便利です。