クローン中にリファレンスとしてGitが使用するリポジトリを含むパスを指定してください。
クローンが行われるマスタかスレーブ上で、そのパスを利用できない場合、このオプションは無視されます。
 複数サブプロジェクトを持つリファレンスを用意するには、ベアリポジトリを作成して、 リモートのURLを追加して、フェッチします。
  git init --bare
  git remote add SubProject1 https://gitrepo.com/subproject1
  git remote add SubProject2 https://gitrepo.com/subproject2
  git fetch --all